分子动力学模拟

模拟多长才"够"？

取决于问题尺度：口袋稳定性与小范围构象变化常见10-50ns；大尺度转换需更长或使用增强采样。建议至少2-3条独立重复以评估不确定性。

对接分数与MD结果如何联用？

先以对接筛选命中，再用MD验证位姿稳定性与关键相互作用，并结合MM/GBSA进行优先级排序。

RMSD大就一定不稳定吗？

需结合配体相对口袋的RMSD、关键距离/接触、聚类与能量指标综合判断，蛋白整体RMSD升高并不必然意味着结合解离。